Protokoli (Veljača 2020)

Upotreba povišenog plus labirinta kao test ponašanja kod glodavaca povezanih s anksioznošću

Upotreba povišenog plus labirinta kao test ponašanja kod glodavaca povezanih s anksioznošću

Sažetak Povišeni plus labirint široko je korišteni test ponašanja kod glodavaca, a validiran je za procjenu anti-anksioznih učinaka farmakoloških sredstava i steroidnih hormona te za definiranje regija mozga i mehanizama na kojima počiva ponašanje vezano uz anksioznost. Ukratko, štakori ili miševi smještaju se na mjesto spajanja četiri kraka labirinta, okrenuti prema otvorenoj ruci, a unose / trajanje u svaku ruku bilježe sustav za praćenje i video praćenje istodobno tijekom 5 minuta. Također se mog

Stvaranje definirane i jednolike populacije CNS progenera i neurona iz matičnih stanica embrionalnih matičnih stanica

Stvaranje definirane i jednolike populacije CNS progenera i neurona iz matičnih stanica embrionalnih matičnih stanica

Sažetak Opisan je detaljan protokol koji omogućava stvaranje u biti čiste populacije glutamatergičnih neurona iz stanica mišjih embrionalnih matičnih stanica (ES). Temelji se na kulturi ES stanica koje se ponavljajućim dijeljenjem drže nediferenciranim i potom se amplificiraju kao nesljepljeni stanični agregati. Tretman

Ispravljanje: Standardizirani protokol za ponovljeni stres u socijalnom porazu kod miševa

Ispravljanje: Standardizirani protokol za ponovljeni stres u socijalnom porazu kod miševa

Izvorni članak objavljen je 21. srpnja 2011 Nat. Protoc. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10, 1038 / nprot.2011.361; objavljeno na mreži 21. srpnja 2011; ispravljeno nakon ispisa 17. prosinca 2014 U inačici ovog članka koja je prvotno objavljena postojala je neka zbrka u tumačenju rečenice "Nadalje, poraze treba izvoditi pod stalnom veterinarskom procjenom i uz potpuno odobrenje svih potrebnih institucionalnih revizijskih odbora i standarda."

Analiza citokineza-blok mikrocrkvenih citokusa

Analiza citokineza-blok mikrocrkvenih citokusa

Ovaj je članak ažuriran Sažetak Analiza citokineze koja blokira citokinezu mikronukleusom je sveobuhvatni sustav za mjerenje oštećenja DNK, citostaze i citotoksičnosti. Događaji oštećenja DNA određuju se posebno u jednom podijeljenim binukleniranim (BN) stanicama i uključuju (a) mikronukleuse (MNi), biomarker loma kromosoma i / ili gubitak čitavog kromosoma, (b) nukleoplazmatske mostove (NPB), biomarker DNK neispravnost i / ili krajnja fuzija telomera i (c) nuklearni pupoljci (NBUD), biomarker uklanjanja pojačanog DNK i / ili kompleksa za popravak DNA. Citostatski

Ugrađivanje fluorotirozina za specifičnu lokaciju u ekspresiju R2 podjedinice E. coli ribonukleotid reduktaze ekspresiranom vezivanjem proteina

Ugrađivanje fluorotirozina za specifičnu lokaciju u ekspresiju R2 podjedinice E. coli ribonukleotid reduktaze ekspresiranom vezivanjem proteina

Sažetak Izraženo vezivanje proteina (EPL) omogućava semisintezu ciljnog proteina s ugrađenim sondama ili neprirodnim aminokiselinama na njihovim N ili C terminima. Ovdje ćemo opisati protokol koji je razvio naš laboratorij za uključivanje fluorotirozina (F n Ys) na ostatku 356 male podjedinice Escherichia coli ribonukleotid reduktaze koristeći EPL. U ovom

Ispravljanje: Analiza broja pojedinačnih ćelija na nivou genoma

Ispravljanje: Analiza broja pojedinačnih ćelija na nivou genoma

Izvorni članak objavljen je 03. svibnja 2012 Nat. Protoc. 7 , 1024–1041 (2012); objavljeno na mreži 3. svibnja 2012; ispravljeno nakon ispisa 24. veljače 2016 U verziji ovog članka koja je prvotno objavljena, jedinice za koncentraciju NaCl u NST puferu opisane u odjeljku Postavljanje reagensa nisu bile točne. Ispra

Test in vivo mikronukleusa visoke propusnosti za ispitivanje nestabilnosti genoma u miševa

Test in vivo mikronukleusa visoke propusnosti za ispitivanje nestabilnosti genoma u miševa

teme Oštećenje i popravljanje DNK Protok citometrija Genomska nestabilnost Miš Sažetak Opisani smo osjetljivom, robusnom, visokom propusnom metodom za kvantificiranje stvaranja mikronukleusa, markera nestabilnosti genoma, u mišjim eritrocitima. Mikronuklei su čitavi kromosomi ili segmenti kromosoma koji su odvojeni od jezgre. Osta

Provjera aktivnosti supstrata (SAS): opći postupak za pripremu i probir fragmentirane nepeptidne biblioteke supstrata na bazi fragmenta za otkrivanje inhibitora

Provjera aktivnosti supstrata (SAS): opći postupak za pripremu i probir fragmentirane nepeptidne biblioteke supstrata na bazi fragmenta za otkrivanje inhibitora

Sažetak Provjera aktivnosti supstrata (SAS) fragmentirana je metoda za brzi razvoj novih supstrata i njihovu pretvorbu u nepeptidne inhibitore Cys i Ser proteaza. Metoda se sastoji od tri koraka: (i) prikaže se biblioteka N- acetil aminocoumarina s različitim N- acilnim skupinama niske molekulske težine kako bi se identificirali proteazni supstrati pomoću jednostavnog testa koji se temelji na fluorescenciji; (ii) identificirani N- acetil aminocoumarin supstrati su optimizirani brzom analognom sintezom i procjenom; i (iii) optimizirani supstrati pretvaraju se u inhibitore izravnom zamjenom amino

Primarna kultura goveda kromromafinskih stanica

Primarna kultura goveda kromromafinskih stanica

Sažetak Ovaj protokol opisuje primarnu kulturu pojedinih kromafinskih stanica dobivenih enzimskim probavljanjem iz nadbubrežne medule goveđe nadbubrežne žlijezde. Od kasnih 1970-ih, takve su stanice pružile koristan model modela za proučavanje biosinteze neurotransmitera, skladištenja i oslobađanja u kateholaminergičkom sustavu. Protokol

Analize zasnovane na biosenzoru za PQS, HHQ i srodne signalne molekule 2-alkil-4-kinolona kvoruma

Analize zasnovane na biosenzoru za PQS, HHQ i srodne signalne molekule 2-alkil-4-kinolona kvoruma

Sažetak 2-alkil-4-kinoloni (AHQ) kao što su 2-heptil-3-hidroksi-4-kinolon (PQS) i 2-heptil-4-kinolon (HHQ) su signalne molekule kvoruma. Ovdje smo opisali metode za otkrivanje AHQ-a, protivnu identifikaciju i kvantifikaciju, koji upotrebljavaju AHQ soj biosenzora tipa Pseudomonas aeruginosa . Protokol opisuje kromatografiju tankoslojne kromatografije (TLC) i mikrotiter pločice, koji kao krajnje točke otkrivanja koriste bioluminiscenciju ili zelenu boju piocijanina. Ek

Kvantitativna analiza ispitivanja hvatanja konformacije kromosoma (3C-qPCR)

Kvantitativna analiza ispitivanja hvatanja konformacije kromosoma (3C-qPCR)

Sažetak Tehnologija hvatanja kromosomske konformacije (3C) pionirska je metodologija koja omogućuje istraživanje in vivo genomske organizacije u mjerilu koji obuhvaća nekoliko desetaka do nekoliko stotina kilobaznih parova. Razumijevanje savijanja genoma u ovoj mjeri je posebno važno kod sisavaca gdje su disperzirani regulatorni elementi, poput pojačivača ili izolatora, uključeni u regulaciju gena. 3C teh

Stvaranje bezvaničnih ekstrakata Xenopusovih jaja i demembraniranog kromatina sperme za sastavljanje i izoliranje in vitro formiranih jezgara za Western blot i skenirajuću elektronsku mikroskopiju (SEM)

Stvaranje bezvaničnih ekstrakata Xenopusovih jaja i demembraniranog kromatina sperme za sastavljanje i izoliranje in vitro formiranih jezgara za Western blot i skenirajuću elektronsku mikroskopiju (SEM)

Sažetak Ovaj protokol detaljno opisuje metode za stvaranje staničnih ekstrakata i DNK predložaka iz jajašca i kromatina sperme, jagodica žaba Xenopus laevis . Koristili smo ovaj sustav sa skenirajućom elektronskom mikroskopijom (SEM), kako je ovdje detaljnije, za analizu biokemijskih potreba i strukturalnih putova za biogenezu eukariotskih nuklearnih ovojnica (NE) i nuklearnih pora (NPC). Ovaj

Dobivanje genoma iz nekultiviranog mikroorganizma iz okoliša pomoću jednoćelijske genomike zasnovane na FACS

Dobivanje genoma iz nekultiviranog mikroorganizma iz okoliša pomoću jednoćelijske genomike zasnovane na FACS

teme Mikrobiologija okoliša Protok citometrija genomika Umnožavanje cijelog genoma Sažetak Jednoćelijska genomika moćan je alat za istraživanje genetskog sastava mikroorganizama u okolišu, čija je velika većina teško, ako ne i nemoguće, kultivirati postojećim pristupima. Ovdje predstavljamo sveobuhvatan protokol za dobivanje genoma iz nekultiviranog mikroba iz okoliša putem izolacije visoke ćelije s propusnom jednocelijom pomoću FACS. Protokol obuh

Artritis izazvan kolagenom

Artritis izazvan kolagenom

Sažetak Model miša izazvan kolagenom (CIA) model miša najčešće je proučavani autoimuni model reumatoidnog artritisa. Autoimuni artritis se u ovom modelu inducira imunizacijom emulzijom kompletnog Freundova pomoćnika i kolagena tipa II (CII). Ovaj protokol opisuje korake neophodne za stjecanje, liječenje i pripremu CII, kao i odabir sojeva miša, pravilnu tehniku ​​imunizacije i procjenu učestalosti i težine artritisa. Obično se prvi

Generacija cerebralnih organoida iz pluripotentnih matičnih stanica čovjeka

Generacija cerebralnih organoida iz pluripotentnih matičnih stanica čovjeka

teme Razvoj živčanog sustava neurogeneza Neurološki modeli Diferencija matičnih ćelija Sažetak Razvoj ljudskog mozga pokazuje nekoliko jedinstvenih aspekata, poput povećane složenosti i ekspanzije neurona, koji su se pokazali teškim za proučavanje u modelnim organizmima. Kao rezultat toga, in vitro pristupi modeliranju razvoja i bolesti ljudskog mozga intenzivno su područje istraživanja. Ovdje ćemo

Pogreška: Analiza upletenih čestica superpokrivene kružne DNA pomoću peptidnih nukleinskih kiselina

Pogreška: Analiza upletenih čestica superpokrivene kružne DNA pomoću peptidnih nukleinskih kiselina

Izvorni članak objavljen je 21. kolovoza 2014 Nat. Protoc. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10, 1038 / nprot.2014.152; objavljeno na mreži 21. kolovoza 2014 .; ispravljeno nakon ispisa 12. rujna 2014 U verziji ovog članka, prvobitno objavljenom, izvor iz kojeg su prilagođene slike 2, 4, 8 i 9 nije naveden i ispravno naveden. Pogr

Sveobuhvatna analiza mononuklearnih fagocita mrežnice mrežnice

Sveobuhvatna analiza mononuklearnih fagocita mrežnice mrežnice

teme neuroimunologija Mrežnica Sažetak Urođeni imunološki sustav aktivira se u velikom broju degenerativnih i upalnih poremećaja mrežnice, poput degeneracije makule povezane s dobi (AMD). Mikroglija mrežnice, koreroidni makrofagi i regrutovani monociti, zajednički nazvani retinalni mononuklearni fagociti, ključne su odrednice ishoda očne bolesti. Mnoge su

Razvoj, validacija i primjena afiniteta imobiliziranog metala za probir probira visoke propusnosti za fosfokemijske sastojke (IMAP) za biblioteke spojeva male molekularne težine

Razvoj, validacija i primjena afiniteta imobiliziranog metala za probir probira visoke propusnosti za fosfokemijske sastojke (IMAP) za biblioteke spojeva male molekularne težine

Sažetak Ovaj protokol opisuje razvoj, validaciju i primjenu automatiziranog afiniteta imobiliziranog metala za fosfokemijsku (IMAP) fluorescentnu polarizaciju (FP) i vremenski razlučiva fluorescentna rezonancija energije (TR-FRET) probira visoke propusnosti probira (HTS) za identifikaciju inhibitori kinaze niske molekularne mase.

Ispravljanje: nanokatalizatori na bazi kobalta za procese zelene oksidacije i hidrogenacije

Ispravljanje: nanokatalizatori na bazi kobalta za procese zelene oksidacije i hidrogenacije

Izvorni članak objavljen je 21. svibnja 2015 Nat. Protoc. 10 , 916–926 (2015); objavljeno na mreži 21. svibnja 2015; ispravljeno nakon ispisa 16. rujna 2015 U verziji ovog članka koja je prvobitno objavljena, Okvir 1 imao je netočan naslov; točan je naslov: 'Pokusi recikliranja katalizatora s nitrobenzenom: 30 h.'